抗日戰(zhàn)爭初期，日本侵略軍攻占華北，上海、南京等地相繼失守，淪陷區(qū)學(xué)生紛紛失學(xué)，流離失所。其中，相當(dāng)一部分流亡至戰(zhàn)略后方西南地區(qū)，當(dāng)時，教育部一方面為給流亡醫(yī)學(xué)生提供繼續(xù)就學(xué)機會，另一方面為奠定西南地區(qū)醫(yī)學(xué)教育基礎(chǔ)，決定在貴州省貴陽市建立國立貴陽醫(yī)學(xué)院。

1937年12月31日，教育部聘李宗恩（原北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院教授、中國早期熱帶病學(xué)專家和醫(yī)學(xué)教育家）、朱章賡（原任教育部醫(yī)學(xué)教育委員會常務(wù)委員兼秘書、公共衛(wèi)生學(xué)專家）、楊崇瑞（北平第一助產(chǎn)學(xué)校校長、協(xié)和醫(yī)學(xué)院婦產(chǎn)科專家）等教授為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備委員，并任命李宗恩為籌備委員會主任委員。^[2] 

1938年1月1日籌委會在漢口建立，教育部加聘張志韓（原任貴州省教育廳廳長）和杭立武（在教育部任職）二人為籌備委員。在漢口實際負(fù)責(zé)籌建工作的還有原武漢大學(xué)生物化學(xué)教授湯佩松等，到貴陽后還得到原貴州省省立醫(yī)院院長朱懋根的協(xié)助。

當(dāng)時，教育部令籌委會移用國立武昌醫(yī)學(xué)院籌備費十六萬元（舊幣），作為國立貴陽醫(yī)學(xué)院籌備費，又令籌委會接收北平第一助產(chǎn)學(xué)校武昌辦事處�；I委會分別在漢口、重慶、西安、長沙、貴陽五處設(shè)招生處，招收流亡的醫(yī)學(xué)生及護(hù)士助產(chǎn)學(xué)生，登記者共約三百人，除貴陽地區(qū)外，均由招生處負(fù)責(zé)輸送學(xué)生入黔。 漢口招收的學(xué)生，由湯佩松和齊登科等教授帶領(lǐng)，從武漢出發(fā)，經(jīng)重慶轉(zhuǎn)抵貴陽。

1938年3月1日國立貴陽醫(yī)學(xué)院宣告成立，教育部正式聘任李宗恩博士為院長。

1947年7月，李宗恩院長調(diào)任北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院院長，教育部另任朱懋根教授為院長。此時的貴陽醫(yī)學(xué)院為全國僅有的九所國立醫(yī)學(xué)院校之一。^[2] 

截至2013年底，承擔(dān)了國家863計劃、自然科學(xué)基金以及國務(wù)院各部委、貴州省政府的各種科研項目千余項，獲科研經(jīng)費2億元；獲各類科研獎項百余項，2008年、2011年、2012年獲得三個貴州省科技進(jìn)步一等獎。全院教師中擔(dān)任國家級專業(yè)學(xué)會的理事和委員30余人，全國性學(xué)術(shù)雜志編委100余人，主辦雜志2份、協(xié)辦國家級期刊1份。在國內(nèi)外學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文3000余篇，以第一作者和第一作者單位發(fā)表被SCI、EI、ISTP收錄的論文共200余篇。出版學(xué)術(shù)專著、主編或參編統(tǒng)編教材百余部。貴州省省級醫(yī)學(xué)會及各分科學(xué)會負(fù)責(zé)人、地方性醫(yī)藥雜志編委大多數(shù)均由學(xué)院教師承擔(dān)。^[1] 

截至2013年底，學(xué)校有2個省部共建教育部重點實驗室，1個教育部民族藥中藥開發(fā)應(yīng)用工程中心，貴州省首批院士工作站1個，2個省級重點實驗室，1個省級檢測中心。院級重點實驗室和中心4個。^[1] 

截至2013年底，學(xué)校有800余名專任教師，200余名博士，具有高級職稱教師占全校專任教師數(shù)的64%，2名國家杰出專業(yè)技術(shù)人才，3名百千萬人才工程專家， 4名國家級突出貢獻(xiàn)專家，4名教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃入選者，3名貴州省核心專家，31名貴州省省管專家，12名二級教授，11名貴州省教學(xué)名師，有50名享受國務(wù)院和省政府特殊津貼，40余人次被評為國家級優(yōu)秀教師、優(yōu)秀科技工作者，2個省級優(yōu)秀教學(xué)團隊（病理生理學(xué)和免疫學(xué)教學(xué)團隊）。2013年，學(xué)校副院長、附屬醫(yī)院肝膽外科學(xué)科帶頭人孫誠誼教授和附屬醫(yī)院院長助理、血液科學(xué)科帶頭人王季石教授當(dāng)選中國工程院院士候選人。^[1] 

截至2013年底，學(xué)院設(shè)有18個教學(xué)單位，即：13院（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院、 臨床醫(yī)學(xué)院、藥學(xué)院、公共衛(wèi)生學(xué)院、成人繼續(xù)教育學(xué)院、研究生學(xué)院、護(hù)理學(xué)院、醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)院、醫(yī)學(xué)影像學(xué)院、口腔醫(yī)學(xué)院、運動與健康學(xué)院、醫(yī)藥衛(wèi)生管理學(xué)院、醫(yī)學(xué)人文學(xué)院）、1部（社會科學(xué)教學(xué)部）、4系（法醫(yī)學(xué)系、醫(yī)學(xué)工程系、麻醉學(xué)系、外國語教育系）。33個本科專業(yè)及本科專業(yè)方向，6個專科及高職專業(yè)。^[1] 

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院

臨床醫(yī)學(xué)院

藥學(xué)院

公共衛(wèi)生學(xué)院

成人繼續(xù)教育學(xué)院

研究生學(xué)院

醫(yī)學(xué)檢驗學(xué)院

醫(yī)學(xué)影像學(xué)院

口腔醫(yī)學(xué)院

截至2013年底，有直管附屬醫(yī)院7所（在籌中1所），非直管附屬醫(yī)院7所，非直管臨床醫(yī)學(xué)院1所，教學(xué)醫(yī)院23所，實習(xí)醫(yī)院15所。

直管附屬醫(yī)院：貴陽醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院第二附屬醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院第三附屬醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院附屬腫瘤醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院附屬白云醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院附屬烏當(dāng)醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院附屬安順醫(yī)院、貴陽醫(yī)學(xué)院附屬口腔醫(yī)院（籌）

截至2013年底，學(xué)校有3個國家級臨床重點�？疲�7個省級重點學(xué)科，5個省級臨床重點學(xué)科，1個省級臨床重點�？�。

國家級臨床重點�？疲�3個）：重癥醫(yī)學(xué)科、急診醫(yī)學(xué)科、皮膚性病科^[4] 

省級重點學(xué)科（7個）：病理學(xué)與病理生理學(xué)、病原生物學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)、內(nèi)科學(xué)（血液�。�、衛(wèi)生毒理學(xué)、藥劑學(xué)

省級臨床重點學(xué)科（5個）：肝膽外科、神經(jīng)外科、醫(yī)學(xué)影像科、感染科、血液科

省級臨床重點�？疲�1個）：內(nèi)分泌代謝科^[5] 

研究生教育始于1981年，先后被國務(wù)院學(xué)位委員會和教育部批準(zhǔn)為：“推薦優(yōu)秀應(yīng)屆本科畢業(yè)生免試攻讀碩士學(xué)位”單位；“向在職人員以研究生畢業(yè)同等學(xué)力授予碩士學(xué)位”單位；開展“臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)位”試點工作單位；博士學(xué)位授予單位；截至2013年底，有23個二級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點：病理學(xué)與病理生理學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)、生物化學(xué)與分子生物學(xué)、內(nèi)科學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、腫瘤學(xué)、皮膚病與性病學(xué)、兒科學(xué)、眼科學(xué)、麻醉學(xué)、針灸推拿學(xué)、藥理學(xué)、藥劑學(xué)、勞動衛(wèi)生與環(huán)境衛(wèi)生學(xué)、衛(wèi)生毒理學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)。

病理學(xué)與病理生理學(xué)學(xué)科于2003年9月批準(zhǔn)成為第一個博士學(xué)位授權(quán)點。截至2013年底，擁有1個一級學(xué)科博士授權(quán)點（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)），涵蓋7個二級學(xué)科。

博士后科研流動站：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)

截至2013年底，學(xué)校有省級實驗教學(xué)示范中心6個，國家級實驗教學(xué)示范中心1個，8門省級精品課程。

省級實驗教學(xué)示范中心（6個）：公共衛(wèi)生實驗教學(xué)示范中心、醫(yī)學(xué)形態(tài)學(xué)實驗教學(xué)示范中心、臨床醫(yī)學(xué)技能實驗中心、生物技術(shù)實訓(xùn)中心、臨床檢驗診斷實驗教學(xué)示范中心、民族藥與中藥學(xué)實驗教學(xué)示范中心

國家級實驗教學(xué)示范中心（1個）：公共衛(wèi)生實驗教學(xué)示范中心^[6] 

省級精品課程（8門）：分析化學(xué)、人體寄生蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)微生物學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、組織學(xué)與胚胎學(xué)、病理生理學(xué)、醫(yī)學(xué)生物學(xué)、基礎(chǔ)化學(xué)

學(xué)校與美國、加拿大、英國等長期展開各項合作和交流活動，2004年9月，“中加防癌抗癌—控制吸煙”代表團來到附屬醫(yī)院參觀、講學(xué)并達(dá)成合作協(xié)議。2004年12月，教育部“春暉項目”留瑞學(xué)人服務(wù)團到學(xué)院講學(xué)并簽訂科研合作協(xié)議。^[7]